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作为医药工业无尘车间，除了控制无尘车间内的尘埃粒子数外,还要控制活微生物数。要通过杀菌、除菌、消毒等方式来控制微生物数在规定的标准之内。目前制药企业对无尘车间采用较普遍的消毒灭菌方法归纳起来有以下几种。
阳江无尘车间消毒灭菌的方法和效果的确认
（1）消毒液擦拭
无尘车间清洁干净后，对无尘车间的地板、壁板、顶板、门窗及其它各种设施的表面用消毒液进行擦试。常见的消毒液有新洁尔灭、洗必泰、酒精等，各种消毒液交替使用，以防止耐药菌株产生。
（2）紫外灯杀菌
在洁净层流罩、传递窗、风淋室、洁净工作台或者整个无尘车间内安装紫外灯,利用车间生产间隙、无尘车间内无人时，开启紫外灯灭菌。该方法的使用效果有限，不作为最终灭菌的方法。
（3）臭氧消毒
将臭氧发生器安装在空调机组内或送回风管道上，或将臭氧发生器置于无尘车间内消毒。消毒操作中辅助以约30分钟的空调净化系统的闭式循环运行，车间生产前对无尘车间进行空吹(空气置换)，这完全可以达到消毒效果，这种消毒方式对无尘车间内无二次污染，对操作人员安全无害。
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